教授 山中 総一郎
Tel/Fax: 053-435-2322 E-mail: yamanaka
略歴
東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 博士課程修了(2010)
米国国立衛生研究所 研究員(2010-2013)
慶應義塾大学 医学部 分子生物学教室 助教(2013-2017)
慶應義塾大学 医学部 分子生物学教室 専任講師(2017-2019)
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻 准教授(2019-2025)
浜松医科大学 医学部 分子生物学講座 教授(2025-)
専門分野: 分子生物学、ゲノム生物学、エピジェネティクス
キーワード: エピジェネティクス、クロマチン、生殖細胞、トランスポゾン
研究テーマ:「生殖細胞でみられるクロマチン動態とRNA制御の分子機構」
代表論文:
- Tahir M, Norouzi M, Khan SS, Davie JR, Yamanaka S, Ashraf A.: Artificial intelligence and deep learning algorithms for epigenetic sequence analysis: A review for epigeneticists and AI experts., Comput Biol Med., 183:109302., 2024.
- Uneme Y, Maeda R, Nakayama G, Narita H, Takeda N, Hiramatsu R, Nishihara H, Nakato R, Kanai Y, Araki K, Siomi MC, Yamanaka S.: Morc1 reestablishes H3K9me3 heterochromatin on piRNA-targeted transposons in gonocytes., Proc Natl Acad Sci USA, 121(13):e2317095121., 2024.
- Yamamoto-Matsuda H, Miyoshi K, Moritoh M, Yoshitane H, Fukada Y, Saito K, Yamanaka S, Siomi MC.: Lint-O cooperates with L(3)mbt in target gene suppression to maintain homeostasis in fly ovary and brain., EMBO Rep., 23(10):e53813., 2022.
- Onishi R, Yamanaka S, Siomi MC.: piRNA- and siRNA-mediated transcriptional repression in Drosophila, mice, and yeast: new insights and biodiversity., EMBO Rep., 22(10):e53062., 2021.
- Yamanaka S, Nishihara H, Toh H, Eijy Nagai LA, Hashimoto K, Park SJ, Shibuya A, Suzuki AM, Tanaka Y, Nakai K, Carninci P, Sasaki H, Siomi H.: Broad Heterochromatic Domains Open in Gonocyte Development Prior to De Novo DNA Methylation., Dev Cell, 51(1):21-34.e5., 2019.
- Lee NN, Chalamcharla VR, Reyes-Turcu F, Mehta S, Zofall M, Balachandran V, Dhakshnamoorthy J, Taneja N, Yamanaka S, Zhou M, Grewal SI.: Mtr4-like protein coordinates nuclear RNA processing for heterochromatin assembly and for telomere maintenance., Cell, 155(5):1061-74., 2013.
- Yamanaka S, Mehta S, Reyes-Turcu FE, Zhuang F, Fuchs RT, Rong Y, Robb GB, Grewal SI.: RNAi triggered by specialized machinery silences developmental genes and retrotransposons. Nature, 493(7433):557-60., 2013.
- Zofall M, Yamanaka S, Reyes-Turcu FE, Zhang K, Rubin C, Grewal SI.: RNA elimination machinery targeting meiotic mRNAs promotes facultative heterochromatin formation., Science, 335(6064):96-100., 2012.
- Yamanaka S, Yamashita A, Harigaya Y, Iwata R, Yamamoto M.: Importance of polyadenylation in the selective elimination of meiotic mRNAs in growing S. pombe cells., EMBO J., 29(13):2173-81., 2010.
- Harigaya Y, Tanaka H, Yamanaka S, Tanaka K, Watanabe Y, Tsutsumi C, Chikashige Y, Hiraoka Y, Yamashita A, Yamamoto M.: Selective elimination of messenger RNA prevents an incidence of untimely meiosis., Nature, 442(7098):45-50., 2006.
発表論文
Tel: 053-435-2324 E-mail:niidah
略歴
帯広畜産大学大学院修士課程 修了 (1991)
日本ロシュ株式会社鎌倉研究所 研究員 (1991~1998)
エイジーン研究所 研究員 (1998-1999)
Lawrence Berkeley National Lab Research Associate (1999-2001)
名古屋市立大学大学院医学研究科 助教 (2001~2010)
同上 講師 (2010)
浜松医科大学医学部生化学第一講座(現 分子生物学講座) 准教授 (2010~ )
専門分野: 分子生物学、生化学、分子腫瘍学
キーワード: 細胞周期、チェックポイント、DNA損傷修復、テロメア
研究テーマ: 「哺乳動物細胞の染色体安定性維持機構の解明」
趣味: サッカー、山登り
業績
- 細胞周期、チェックポイント (J Biol Chem. 279: 31164-31170, 2004, J Biol Chem. 280: 39246-39252, 2005, Mol Cell Biol. 27: 2572-2581, 2007, Cell 132: 221-232, 2008, Proc Natl Acad Sci U S A. 106: 3184-3189, 2009, EMBO J 2010)
- DNA損傷修復 (Genes Dev. 24: 333-338, 2010, Mol Cell Biol 2015, Nat Commun 2017, Mol Cancer Res 2020, BBA-Mol Cell Res 2022 )
- テロメア (Nat Genet. 19: 203-206, 1998, Mol Cell Biol. 20: 4115-4127, 2000, Nature. 407: 318-319, 2000)
Tel/Fax: 053-435-2323 E-mail:ohhata
略歴
千葉大学大学院自然科学研究科修了 (理学博士) (2003)
国立遺伝学研究所人類遺伝研究部門(佐々木裕之教授)博士研究員 (2003~2006)
Research Institute of Molecular Pathology (IMP, Vienna, PI: Dr. Anton Wutz) Post Doc (2006~2009)
Centre for Stem Cell Research, University of Cambridge (CSCR, PI: Dr. Anton Wutz) Research Associate (2009~2012)
浜松医科大学医学部分子生物学講座 助教 (2012~ )
専門分野: エピジェネティクス、分子生物学、発生生物学
キーワード: エピジェネティクス、クロマチン制御、長鎖非コードRNA、X染色体不活性化、多能性獲得機構
研究テーマ: 「細胞の運命を左右する機能的非コードRNAの制御機構の解明」
趣味: 料理、素描、楽器演奏
代表論文:
- Suzuki, M., Sakai, S., Ota, K., Bando, Y., Uchida, C., Niida, H., Kitagawa, M. and *Ohhata, T.: CCIVR2 facilitates comprehensive identification of both overlapping and non-overlapping antisense transcripts with specified regions. Sci. Rep.13: 14807, 2023.
- Suzuki, T., *Sakai, S., Ota, K., Yoshida, M., Uchida, C., Niida, H., Suda, Y., Kitagawa, M. and *Ohhata, T.: Expression of tumor suppressor FHIT is regulated by the LINC00173-SNAIL axis in human lung adenocarcinoma. Int. J. Mol. Sci. 24: 17011, 2023.
- *Ohhata, T., Suzuki, M., Sakai, S., Ota, K., Yokota, H., Uchida, C., Niida, H. and Kitagawa, M.: CCIVR facilitates comprehensive identification of cis-natural antisense transcripts with their structural characteristics and expression profiles. Sci. Rep.12; 15525, 2022.
- Matoba, S., Kozuka, C., Miura, K., Inoue, K., Kumon, M., Hayashi, R., Ohhata, T., Ogura, A., *Inoue, A.: Noncanonical imprinting sustains embryonic development and restrains placental overgrowth. Genes Dev. 36: 483-494, 2022
- Tamura, Y., *Ohhata, T., Niida, H., Sakai, S., Uchida C., Masumoto, K., Kotou, F., Wuts, A. and *Kitagawa, M.: Homologous recombination is reduced in female embryonic stem cells by two active X chromosomes. EMBO Rep. 22: e52190, 2021.
- *Ohhata, T., Yamazawa, K., Kamio, M.A., Takahashi, S., Sakai, S., Tamura, Y., Uchida, C., Kitagawa, K., Niida, H., Hiratan,i I., Kobayashi, H., Kimura, H., Wuts, A. and *Kitagawa, M.: Dynamics of transcription-mediated conversion from euchromatin to facultative heterochromatin at the Xist promoter by Tsix. Cell Rep. 34(13):108912, 2021.
- Sakai S., Ohhata T., Kitagawa K., Uchida C., Aoshima T., Niida H., Suzuki T., Inoue Y., Miyazawa K. and Kitagawa M.*: Long noncoding RNA ELIT-1 acts as a Smad3 cofactor to facilitate TGFβ/Smad signaling and promote epithelial-mesenchymal transition. Cancer Res.79: 2821-2838, 2019.
- Ohhata, T., Matsumoto, M., Leeb, M., Shibata, S., Sakai, S., Kitagawa, K., Niida, H., *Kitagawa, M. and *Wutz, A.: Histone H3 lysine 36 tri-methylation is established over the Xist promoter by antisense Tsix transcription and contributes to repressing Xist expression. Mol. Cell. Biol. 35, 3909-3920, 2015.
- *Ohhata T and *Wutz A: Reactivation of the inactive X chromosome in development and reprogramming. Cell Mol Life Sci. 70, 2443-2461, 2013.
- *Kitagawa, M., Kitagawa, K., Kotake, Y., Niida, H. and Ohhata, T.: Cell cycle regulation by long non-coding RNAs. Cell. Mol. Life Sci. 70: 4785-4794, 2013.
- Kitagawa M, Kotake Y and Ohhata T: Long noncoding RNA involved in cancer development and cell fate determination. Curr. Drug Target. 13:1616-1621, 2012.
- Ohhata T, Senner CE, Hemberger M, Wutz A: Lineage-specific function of the noncoding Tsix RNA for Xist repression and Xi reactivation in mice. Genes Dev. 25:1702-1715, 2011
- Ng K, Daigle N, Bancaud A, Ohhata T, Humphreys P, Walker R, Ellenberg J, Wutz A: A system for imaging the regulatory noncoding Xist RNA in living mouse embryonic stem cells. Mol Biol Cell. 22:2634-2645, 2011
- Hoki Y, Ikeda R, Mise N, Sakata Y, Ohhata T, Sasaki H, Abe K, Sado T: Incomplete X-inactivation initiated by a hypomorphic Xist allele in the mouse. Development. 138:2649-2659, 2011
- Hoki Y, Kimura N, Kanbayashi M, Amakawa Y, Ohhata T, Sasaki H, Sado T: A proximal conserved repeat in the Xist gene is essential as a genomic element for X-inactivation in mouse. Development. 136:139-146, 2009
- Ohhata T, Hoki Y, Sasaki H, Sado T: Crucial role of antisense transcription across the Xist promoter in Tsix-mediated Xist chromatin modification. Development. 135:227-235, 2008
- Ohhata T, Hoki Y, Sasaki H, Sado T: Tsix-deficient X chromosome does not undergo inactivation in the embryonic lineage in males: implications for Tsix-independent silencing of Xist. Cytogenet Genome Res. 113:345-349, 2006
- Ohhata T, Tachibana M, Tada M, Tada T, Sasaki H, Shinkai Y, Sado T: X-inactivation is stably maintained in mouse embryos deficient for histone methyl transferase G9a. Genesis. 40:151-156, 2004
Tel/Fax :o53-435-2323 E-mail:ssakai
略歴
名古屋市立大学大学院薬学研究科博士後期課程 単位取得満期退学(2009)
名古屋市立大学大学院薬学研究科 研究員(2009.4-2009.5)
名古屋市立大学大学院薬学研究科 特任助教(2009.6-2011.3)
学位取得 名古屋市立大学 博士(薬学)(2010)
新潟薬科大学 薬学部 助教(2011-2014)
浜松医科大学 医学部 分子生物学講座 特任研究員(2014-2018)
浜松医科大学 医学部 ウイルス寄生虫学講座 助教(2018-2020)
浜松医科大学 医学部 分子生物学講座 助教(2020-)
専門分野: 分子生物学
キーワード:長鎖ノンコーディングRNA、シグナル伝達
研究テーマ:「細胞の運命を左右する長鎖ノンコーディングRNAの分子機能の解明」
趣味: ドライブ、スポーツ観戦
業績:
1.長鎖ノンコーディングRNA研究
2.転写調節因子の機能および制御機構
3.臓器線維化、エピジェネティック制御、タンパク質分解の解析
代表論文
1. Sakai S., Ohhata T., Kitagawa K., Uchida C., Aoshima T., Niida H., Suzuki T., Inoue Y., Miyazawa K. and Kitagawa M.*: Long noncoding RNA ELIT-1 acts as a Smad3 cofactor to facilitate TGFβ/Smad signaling and promote epithelial-mesenchymal transition. Cancer Res. 79 (11): 2821-2838, 2019. (2019年6月号表紙に採用)
2. Ota K., *Sakai S.(co-first author), Ohhata T., Suzuki T., Uchida C., Niida H. and *Kitagawa M.: APOBEC3B expression is promoted by lincNMR collaborating with TGF-β-Smad pathway. Carcinogenesis 44: 1-14, 2023.
3. Suzuki, T., *Sakai S.(co-first author), Ota, K., Yoshida, M., Uchida, C., Niida, H., Suda, Y., Kitagawa, M. and *Ohhata, T.: Expression of tumor suppressor FHIT is regulated by the LINC00173-SNAIL axis in human lung adenocarcinoma. Int. J. Mol. Sci. 24: 17011, 2023.
技術補佐員 吉田 美佳 m-yoshi
技術補佐員 横田 はづき yokota83
過去メンバー
北川雅敏(前任教授)
浜松医科大学 特命研究教授(光神経解剖学)、名誉教授
E-mail:kitamasa
静岡大学イノベーション社会連携推進機構 特任教授