教授　　山中　総一郎

Tel/Fax: 053-435-2322 E-mail: yamanaka

略歴
　東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 博士課程修了（2010）
　米国国立衛生研究所 研究員（2010-2013）
　慶應義塾大学 医学部 分子生物学教室 助教（2013-2017）
　慶應義塾大学 医学部 分子生物学教室 専任講師（2017-2019）
　東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻 准教授（2019-2025）
　浜松医科大学 医学部 分子生物学講座 教授（2025-）

専門分野： 分子生物学、ゲノム生物学、エピジェネティクス

キーワード： エピジェネティクス、クロマチン、生殖細胞、トランスポゾン

研究テーマ：「生殖細胞でみられるクロマチン動態とRNA制御の分子機構」

代表論文：

1. Tahir M, Norouzi M, Khan SS, Davie JR, Yamanaka S, Ashraf A.: Artificial intelligence and deep learning algorithms for epigenetic sequence analysis: A review for epigeneticists and AI experts., Comput Biol Med., 183:109302., 2024.
2. Uneme Y, Maeda R, Nakayama G, Narita H, Takeda N, Hiramatsu R, Nishihara H, Nakato R, Kanai Y, Araki K, Siomi MC, Yamanaka S.: Morc1 reestablishes H3K9me3 heterochromatin on piRNA-targeted transposons in gonocytes., Proc Natl Acad Sci USA, 121(13):e2317095121., 2024.
3. Yamamoto-Matsuda H, Miyoshi K, Moritoh M, Yoshitane H, Fukada Y, Saito K, Yamanaka S, Siomi MC.: Lint-O cooperates with L(3)mbt in target gene suppression to maintain homeostasis in fly ovary and brain., EMBO Rep., 23(10):e53813., 2022.
4. Onishi R, Yamanaka S, Siomi MC.: piRNA- and siRNA-mediated transcriptional repression in Drosophila, mice, and yeast: new insights and biodiversity., EMBO Rep., 22(10):e53062., 2021.
5. Yamanaka S, Nishihara H, Toh H, Eijy Nagai LA, Hashimoto K, Park SJ, Shibuya A, Suzuki AM, Tanaka Y, Nakai K, Carninci P, Sasaki H, Siomi H.: Broad Heterochromatic Domains Open in Gonocyte Development Prior to De Novo DNA Methylation., Dev Cell, 51(1):21-34.e5., 2019.
6. Lee NN, Chalamcharla VR, Reyes-Turcu F, Mehta S, Zofall M, Balachandran V, Dhakshnamoorthy J, Taneja N, Yamanaka S, Zhou M, Grewal SI.: Mtr4-like protein coordinates nuclear RNA processing for heterochromatin assembly and for telomere maintenance., Cell, 155(5):1061-74., 2013.
7. Yamanaka S, Mehta S, Reyes-Turcu FE, Zhuang F, Fuchs RT, Rong Y, Robb GB, Grewal SI.: RNAi triggered by specialized machinery silences developmental genes and retrotransposons. Nature, 493(7433):557-60., 2013.
8. Zofall M, Yamanaka S, Reyes-Turcu FE, Zhang K, Rubin C, Grewal SI.: RNA elimination machinery targeting meiotic mRNAs promotes facultative heterochromatin formation., Science, 335(6064):96-100., 2012.
9. Yamanaka S, Yamashita A, Harigaya Y, Iwata R, Yamamoto M.: Importance of polyadenylation in the selective elimination of meiotic mRNAs in growing S. pombe cells., EMBO J., 29(13):2173-81., 2010.
10. Harigaya Y, Tanaka H, Yamanaka S, Tanaka K, Watanabe Y, Tsutsumi C, Chikashige Y, Hiraoka Y, Yamashita A, Yamamoto M.: Selective elimination of messenger RNA prevents an incidence of untimely meiosis., Nature, 442(7098):45-50., 2006.

  発表論文

准教授　　丹伊田　浩行 †

Tel: 053-435-2324 E-mail:niidah

略歴
帯広畜産大学大学院修士課程 修了 (1991)
日本ロシュ株式会社鎌倉研究所 研究員 (1991～1998)
エイジーン研究所 研究員 (1998-1999)
Lawrence Berkeley National Lab Research Associate (1999-2001)
名古屋市立大学大学院医学研究科 助教 (2001～2010)
  同上         講師 (2010)
浜松医科大学医学部生化学第一講座（現 分子生物学講座） 准教授 (2010～ )

専門分野： 分子生物学、生化学、分子腫瘍学

キーワード： 細胞周期、チェックポイント、DNA損傷修復、テロメア

研究テーマ： 「哺乳動物細胞の染色体安定性維持機構の解明」

趣味： サッカー、山登り

業績

1. 細胞周期、チェックポイント  (J Biol Chem. 279: 31164-31170, 2004, J Biol Chem. 280: 39246-39252, 2005, Mol Cell Biol. 27: 2572-2581, 2007, Cell 132: 221-232, 2008, Proc Natl Acad Sci U S A. 106: 3184-3189, 2009, EMBO J 2010)
2. DNA損傷修復 (Genes Dev. 24: 333-338, 2010, Mol Cell Biol 2015, Nat Commun 2017, Mol Cancer Res 2020, BBA-Mol Cell Res 2022 )
3. テロメア  (Nat Genet. 19: 203-206, 1998, Mol Cell Biol. 20: 4115-4127, 2000, Nature. 407: 318-319, 2000)
   
   
   

学内講師　　大畑　樹也

Tel/Fax: 053-435-2323 E-mail:ohhata

略歴

千葉大学大学院自然科学研究科修了 (理学博士) (2003)
国立遺伝学研究所人類遺伝研究部門（佐々木裕之教授）博士研究員 (2003～2006)
Research Institute of Molecular Pathology (IMP, Vienna, PI: Dr. Anton Wutz) Post Doc (2006～2009)
Centre for Stem Cell Research, University of Cambridge (CSCR, PI: Dr. Anton Wutz) Research Associate (2009～2012)
浜松医科大学医学部分子生物学講座 助教 (2012～ )

専門分野： エピジェネティクス、分子生物学、発生生物学

キーワード： エピジェネティクス、クロマチン制御、長鎖非コードRNA、X染色体不活性化、多能性獲得機構

研究テーマ： 「細胞の運命を左右する機能的非コードRNAの制御機構の解明」

趣味： 料理、素描、楽器演奏

代表論文：

1. Suzuki, M., Sakai, S., Ota, K., Bando, Y., Uchida, C., Niida, H., Kitagawa, M. and *Ohhata, T.: CCIVR2 facilitates comprehensive identification of both overlapping and non-overlapping antisense transcripts with specified regions. Sci. Rep.13: 14807, 2023.
2. Suzuki, T., *Sakai, S., Ota, K., Yoshida, M., Uchida, C., Niida, H., Suda, Y., Kitagawa, M. and *Ohhata, T.: Expression of tumor suppressor FHIT is regulated by the LINC00173-SNAIL axis in human lung adenocarcinoma. Int. J. Mol. Sci. 24: 17011, 2023.
3. *Ohhata, T., Suzuki, M., Sakai, S., Ota, K., Yokota, H., Uchida, C., Niida, H. and Kitagawa, M.: CCIVR facilitates comprehensive identification of cis-natural antisense transcripts with their structural characteristics and expression profiles. Sci. Rep.12; 15525, 2022.
4. Matoba, S., Kozuka, C., Miura, K., Inoue, K., Kumon, M., Hayashi, R., Ohhata, T., Ogura, A., *Inoue, A.: Noncanonical imprinting sustains embryonic development and restrains placental overgrowth. Genes Dev. 36: 483-494, 2022
5. Tamura, Y., *Ohhata, T., Niida, H., Sakai, S., Uchida C., Masumoto, K., Kotou, F., Wuts, A. and *Kitagawa, M.: Homologous recombination is reduced in female embryonic stem cells by two active X chromosomes. EMBO Rep. 22: e52190, 2021.
6. *Ohhata, T., Yamazawa, K., Kamio, M.A., Takahashi, S., Sakai, S., Tamura, Y., Uchida, C., Kitagawa, K., Niida, H., Hiratan,i I., Kobayashi, H., Kimura, H., Wuts, A. and *Kitagawa, M.: Dynamics of transcription-mediated conversion from euchromatin to facultative heterochromatin at the Xist promoter by Tsix. Cell Rep. 34(13):108912, 2021.
7. Sakai S., Ohhata T., Kitagawa K., Uchida C., Aoshima T., Niida H., Suzuki T., Inoue Y., Miyazawa K. and Kitagawa M.*: Long noncoding RNA ELIT-1 acts as a Smad3 cofactor to facilitate TGFβ/Smad signaling and promote epithelial-mesenchymal transition. Cancer Res.79: 2821-2838, 2019.
8. Ohhata, T., Matsumoto, M., Leeb, M., Shibata, S., Sakai, S., Kitagawa, K., Niida, H., *Kitagawa, M. and *Wutz, A.: Histone H3 lysine 36 tri-methylation is established over the Xist promoter by antisense Tsix transcription and contributes to repressing Xist expression. Mol. Cell. Biol. 35, 3909-3920, 2015.
9. *Ohhata T and *Wutz A: Reactivation of the inactive X chromosome in development and reprogramming. Cell Mol Life Sci. 70, 2443-2461, 2013.
10. *Kitagawa, M., Kitagawa, K., Kotake, Y., Niida, H. and Ohhata, T.: Cell cycle regulation by long non-coding RNAs. Cell. Mol. Life Sci. 70: 4785-4794, 2013.
11. Kitagawa M, Kotake Y and Ohhata T: Long noncoding RNA involved in cancer development and cell fate determination. Curr. Drug Target. 13:1616-1621, 2012.
12. Ohhata T, Senner CE, Hemberger M, Wutz A: Lineage-specific function of the noncoding Tsix RNA for Xist repression and Xi reactivation in mice. Genes Dev. 25:1702-1715, 2011
13. Ng K, Daigle N, Bancaud A, Ohhata T, Humphreys P, Walker R, Ellenberg J, Wutz A: A system for imaging the regulatory noncoding Xist RNA in living mouse embryonic stem cells. Mol Biol Cell. 22:2634-2645, 2011
14. Hoki Y, Ikeda R, Mise N, Sakata Y, Ohhata T, Sasaki H, Abe K, Sado T: Incomplete X-inactivation initiated by a hypomorphic Xist allele in the mouse. Development. 138:2649-2659, 2011
15. Hoki Y, Kimura N, Kanbayashi M, Amakawa Y, Ohhata T, Sasaki H, Sado T: A proximal conserved repeat in the Xist gene is essential as a genomic element for X-inactivation in mouse. Development. 136:139-146, 2009
16. Ohhata T, Hoki Y, Sasaki H, Sado T: Crucial role of antisense transcription across the Xist promoter in Tsix-mediated Xist chromatin modification. Development. 135:227-235, 2008
17. Ohhata T, Hoki Y, Sasaki H, Sado T: Tsix-deficient X chromosome does not undergo inactivation in the embryonic lineage in males: implications for Tsix-independent silencing of Xist. Cytogenet Genome Res. 113:345-349, 2006
18. Ohhata T, Tachibana M, Tada M, Tada T, Sasaki H, Shinkai Y, Sado T: X-inactivation is stably maintained in mouse embryos deficient for histone methyl transferase G9a. Genesis. 40:151-156, 2004

助教　　酒井　聡　

Tel/Fax :o53-435-2323 E-mail:ssakai

略歴

名古屋市立大学大学院薬学研究科博士後期課程　単位取得満期退学（2009）

名古屋市立大学大学院薬学研究科　研究員（2009.4-2009.5）

名古屋市立大学大学院薬学研究科　特任助教（2009.6-2011.3）

学位取得　名古屋市立大学　博士（薬学）(2010)

新潟薬科大学　薬学部　助教（2011-2014）

浜松医科大学　医学部　分子生物学講座　特任研究員（2014-2018）

浜松医科大学　医学部　ウイルス寄生虫学講座　助教（2018-2020）

浜松医科大学　医学部　分子生物学講座　助教（2020-）

専門分野： 分子生物学

キーワード：長鎖ノンコーディングRNA、シグナル伝達

研究テーマ：「細胞の運命を左右する長鎖ノンコーディングRNAの分子機能の解明」

趣味： ドライブ、スポーツ観戦

業績：

１．長鎖ノンコーディングRNA研究

２．転写調節因子の機能および制御機構

３．臓器線維化、エピジェネティック制御、タンパク質分解の解析

代表論文

1. Sakai S., Ohhata T., Kitagawa K., Uchida C., Aoshima T., Niida H., Suzuki T., Inoue Y., Miyazawa K. and Kitagawa M.*: Long noncoding RNA ELIT-1 acts as a Smad3 cofactor to facilitate TGFβ/Smad signaling and promote epithelial-mesenchymal transition. Cancer Res. 79 (11): 2821-2838, 2019.　(2019年6月号表紙に採用)

2. Ota K., *Sakai S.(co-first author), Ohhata T., Suzuki T., Uchida C., Niida H. and *Kitagawa M.: APOBEC3B expression is promoted by lincNMR collaborating with TGF-β-Smad pathway. Carcinogenesis 44: 1-14, 2023.

3. Suzuki, T., *Sakai S.(co-first author), Ota, K., Yoshida, M., Uchida, C., Niida, H., Suda, Y., Kitagawa, M. and *Ohhata, T.: Expression of tumor suppressor FHIT is regulated by the LINC00173-SNAIL axis in human lung adenocarcinoma. Int. J. Mol. Sci. 24: 17011, 2023.

技術補佐員　　吉田　美佳　m-yoshi

技術補佐員　　横田　はづき　yokota83

過去メンバー