平成3年に救急部発足。平成14年に救急医学講座発足。平成24年から名称変更により救急災害医学講座。浜松市二次輪番群病院の一翼を担う（平成16年4月から6日に1回担当）と同時に、大学病院としての高度救命救急医療の責を果たすべく努力している。
　消防本部との間にホットラインが設置され、常時医師が待機し救急要請に応じている。全科の協力体制を基盤に多様な救急傷病に対応できる。CPA（心肺停止）、多発外傷、急性中毒、環境障害、診断のつかない症例は救急部が入院治療を担当する。その他の急性疾患については、各診療科の専門医がイニシアチブをとり、救急部は初期治療に協力する。研修医（卒後1・2年目）は1～数か月の救急部研修及び日当直を通じて、救急車搬送例及び来院患者の初期診療に対応する。日常診療に加えて、 院内救急、シミュレーション医学の実践、ICLS、JMECC、JATEC等off-the-job trainingとしての各種講習会の開催、メディカルコントロール協議会、救急救命士追加講習、救急隊員の病院実習、東海地震を想定した医療連携訓練、急性被ばく医療に関する訓練などを積極的に推進している。